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如何处理对接时候的蛋白自带小分子
点击次数:244 发布日期:2020-1-9  来源:http://www.yinfotek.com/blog/wechat-23

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-分子对接方案,智能化预测蛋白质、多肽、核酸与小分子间的相互作用,识别文末二维码了解更多!

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A:请教蛋白自带好多小分子,对接的时候怎么处理呢?

殷赋科技:对接时并不需要这些小分子,其用途只有一个——帮助定位口袋。因此,保存你需要的小分子,其他清除掉。但有一种情况例外,辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中,因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。

A:有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。

安徽11选5殷赋科技:看情况,跟配体有重要作用的保留,水分子也是。

 

B:请问已经筛选好小分子,想把这个小分子接到载体上,中间连一个间隔臂,这个间隔臂需要和小分子一起连上再一次与蛋白质做对接吗?

殷赋科技:先问你,做对接的目的是什么?载体是这个蛋白吗?Carrier-Linker-Ligand-Protein?

B:分子和蛋白对接,目的是定向固定化,分子得负载上载体,做定向吸附。载体不是蛋白,只是个树脂之类,类似树脂吸附酶。

殷赋科技:对接只是帮助你研究小分子与蛋白的相互作用,或者筛选小分子。既然已经筛选好了,那就做实验得了。要研究小分子-蛋白的相互作用,就直接对接小分子与蛋白,间隔臂并不参与作用。

B:如果间隔臂链接小分子(即间隔臂分子和小分子合成在一起)对蛋白有作用呢?

殷赋科技:那就要接上,一起对接,你可以两种情况都做,看看有什么区别。

 

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A:如果一个蛋白靶点 只有抗体,筛选小分子的时候,小分子是往口袋去跑,而不是蛋白与抗体作用的β折叠。这时候筛选的标准怎么搞?

殷赋科技:蛋白与抗体作用的β折叠,是指抗体上某个区域是个beta折叠,它跟蛋白有作用,你要筛选的分子不能作用在这里是吗?

A:对的,因为这种“光滑”的区域 小分子基本不结合,小分子喜欢去有“沟洞“的地方。

殷赋科技:那就要看这个区域跟口袋什么关系了,这个嘛,当然,你定义口袋在哪就对接在哪咯。

安徽11选5A:现在筛选小分子的时候,不知道怎么设定标准了。

殷赋科技:那就跟折叠区没有关系。

A:这个口袋不能确定的吧?

殷赋科技:那你要先确定啊。

A:没有阳性化合物,怎么确定呢?

殷赋科技:没有什么实验现象实验信息可以给你提示吗?如果什么都没有,就只能软件预测了,《》。

A:研究只有抗体。我们本来想法是抗体作用位点。

殷赋科技:假如就是在那个位置,那就跟折叠区没有关系了,对接时不用什么考虑折叠区的标准。

安徽11选5A:小分子在那个位置基本没几个有相互作用。

殷赋科技:没有氢键是吗?

A:有的。

殷赋科技:那可以嘛。

A:那个位置在膜内,跨膜蛋白。

殷赋科技:那你不应该对接这个位置啊,你得想尽一切办法先确定口袋,所有可能的口袋都试试,然后做实验验证。

殷赋科技:用什么软件,vina吗?

A:对,也用MOE了,主要还是用 MOE。

殷赋科技:用dock6啊。

殷赋科技:moe用来初筛就好。

殷赋科技:你不会只算了这个分子吧?

A:几千个。

殷赋科技:那就用dock6再筛。

A:主要是筛选的标准。

殷赋科技:筛选标准很难说,初筛看打分就够了。挑选1000个去算dock6,再挑100-200个人工分析。

安徽11选5A:那像这种口袋不确定的,只看打分嘛?

殷赋科技:这跟口袋没有关系啊。

A:好。

殷赋科技:口袋你要尽可能的确定,不确定的就都做。

A:那我就去预测下。

殷赋科技:对于每个口袋,就这么对接、筛选。

A:那跨膜蛋白,膜外是不是好点。

殷赋科技:一般是作用在膜外,如果你觉得膜内、跨膜也有可能,就都做,优先测膜外的。

 

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安徽11选5A:想请问下,用autodock对接,有硒代半胱氨酸怎么处理,显示无法加电荷和识别。

B:共价对接还是非共价对接?

A:非共价对接。

B:粗糙一点,用标准的CYS进行对接,然后取合适的pose,将CSY改成硒代的非标准氨基酸,用力场进行优化。应该不会有很大的不同。

A:我现在是尝试着对接,确实之后还涉及到评价对接效果,我做得转氨酶。

B:这个也不影响你评价结果。

 

C:在autodock, set map types 时,配体和受体不在一起,请问大家是怎么调整的?

B:有个东西叫box,以及center与space来计算。

C:grid box是吗?

B:对,他决定了在哪里搞grid。跟你的配体在没在box里没关系。

C:他们的相对位置不用考虑是吗?

D:相对位置不用管,在对接的时候会将配体分子放置到盒子中去做构象采集。

 

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A:请教各位大神,如果已知小分子有活性,但是受体上有很多已知的和潜在的未知作用位点,应该怎么预测分子是结合在哪个位点呢?

B:怎么知道有活性的。

A:蛋白实验测出来的。

B:结合力吗?

A:IC50。

C:直接做对接。

安徽11选5A:做了对接尝试过,我觉得很难比较结果,几个位点的打分相差不大。

D:多用几个软件,商业的,开源的,有很多的。能用的都用上。再多挑几个晶体试试。

E:养共晶,或者定点突变。

A:实验成本太大,所以想先通过模拟预测一个可靠的结果再用实验验证。

E:定点突变也可以在模拟上做。

来源:广州市殷赋信息科技有限公司
联系电话:020-37757697
E-mail:info@yinfotek.com

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